
Dopo lo scioglimento delle Sista, Missy si concentra sulla stesura e sulla produzione musicale, realizzando un brano rappato su “The Things You Do” di Gina Thompson, che le procura diverse offerte da parte delle case di produzione. Nel 1996 fonda la sua etichetta la Goldmind records e nel giugno dell’anno successivo pubblica l’album da solista “Supa Dupa Fly”, il primo album di hip hop femminile a debuttare ai vertici della chart pop di Billboard.Il suo successo del ‘99 “Da Real World” fa guadagnare all’artista una nomination ai Grammy Award.
Dopo due anni esce “This Is Not A Test”, che però non ottiene lo stesso successo dei precedenti; è con il singolo “Lose control” tratto da “The Cookbook”, sesto lavoro di Missy Elliott uscito nel 2005, che l’artista riesce a far salire nuovamente ai primi posti della hit parade. Dopo la pubblicazione della raccolta “Respect M.E.” (2006), viene annunciata per il febbraio (2009) la realizzazione di un nuovo lavoro, Block Party.
Il primo Febbraio 2015, su invito di Katy Perry, partecipa come comparsa insieme a Lenny Kravitz allo spettacolo di metà partita (Halftime Show) del Super Bowl XLIX tenutosi presso lo University of Phoenix Stadium (USA).